Die Lizenzstruktur des MS390 umfasst zwei Funktionsstufen: Enterprise und Advanced. Der MS390 führt außerdem eine neue, einfachere Lizenzierung für Hardware-Mapping ein,
insbesondere für 24- oder 48-Port-Lizenzen. Wie alle Microsoft-Produkte ist auch der MS390 mit Laufzeiten von 1, 3, 5, 7 und 10 Jahren erhältlich.